Le logiciel NanoDocWare s’articule autour de la notion d’utilisateur. Chaque utilisateur dispose d’un accès sécurisé au logiciel. Cet accès est protégé par un identifiant et un mot de passe. A chaque accès spécifique, le logiciel va détecter qui se connecte pour personnaliser l’applications, les menus, les entêtes de documents, éventuellement la capacité d’accéder à l’administration du programme.

Tous les utilisateurs administrateurs ont la possibilité de créer des comptes usagers (compte utilisateur) et donc autoriser ceux ci à piloter le logiciel patients, créer des patients, des consultations, des documents, …

Le logiciel gère aussi la comptabilité de chaque usager de façon encapsulée et séparée. Pour les professionnels de santé libéraux, il est donc possible de gérer une mini-comptabilité chaque jour ou chaque mois.